Poche sono le notizie relative alla storia più antica dell'organo giunte fino a noi: mentre gli archivi riportano nell'anno 1489 la data di assuzione del primo organista, Polidoro, nulla si conosce relativamente allo strumento presso cui egli prestò servizio.

Tra il 1517 ed il 1521, il maestro organaro Cristoforo Traparello colloca nel transetto in cornu epistolæ nella chiesa rinascimentale appena costruita un nuovo organo, che verrà accomodato ed ampliato nel 1580 da Benedetto Antegnati.

Tra il 1644 ed il 1650 l'organo viene trasportato dove si trova tuttora per opera dell'organaro Cristoforo Rangoni e vi è notizia della costruzione di un contro-organo dal maestro tedesco Andrea Pagalebra tra il 1653 ed il 1654

Verso la metà del XVII secolo, l'organo venne affidato ai fratelli Serassi di Bergamo, i quali imposero all'antico strumento il gusto allora imperante, aggiungendo, quindi, i consueti registri d'orchestra, tamburo, piatti, grancassa, ecc.

Nel 1866, in conseguenza della soppressione dell'ordine, i monaci vengono espulsi; ne paga le conseguenze anche l'organo che affronta un lungo periodo di inutilizzo e degrado, oltre a numerosi saccheggi.

Nel 1920 la comunità monastica ritorna e, nel 1927, decide di affidare alla ditta Tamburini di Crema la costruzione di un nuovo organo nel quale comunque possa trovare collocazione il materiale fonico serassiano recuperabile.

Già subito dopo la costruzione, la sonorità dell'organo Tamburini presenta evidenti limiti, non tanto nella qualità, quanto nel volume. Si decide così per la costruzione di un nuovo, ricco, corpo d'organo, per il quale si rende necessario addirittura erigere un nuovo locale, affacciantesi nell'abside della chiesa attraverso un finestrone. Il nuovo corpo d'organo verrà posizionato nel 1932.

Trascorsi quasi ottant'anni, lo strumento, vuoi per la complessità, vuoi per gli effetti di alcuni interventi di manutenzione poco scrupolosi, si trova nuovamente nel bisogno di un importante restauro, che viene eseguito tra il 2012 ed il 2013 dalla ditta Mascioni di Azzio (VA). Il restauro ha inteso ripristinare completamente la funzionalità dell'organo e recuperare le originali caratteristiche timbriche tardoromantiche.

Un'interessante possibilità offerta dall'adozione di una nuovissima trasmissione elettronica è il funzionamento dell'organo con tre disposizioni foniche differenti, quella del 1928, quella del 1932 ed una terza nella quale si sono volute rendere indipendenti II e III manuale. Di seguito di riporta la disposizione fonica secondo quest'ultima modalità

Disposizione fonica

L'organo è inoltre corredato di:

• 699 x 6 combinazioni aggiustabili generali
• Richiami per: Ripieni singoli ai manuali e pedale, Ance e Forte Generale
• Graduatore
• Staffa espressiva del II manuale
• Staffa espressiva del III manuale

I registri contrassegnati con ‡ sono colocati all'interno di una seconda cassa espressiva, mentre quelli contrassegnati con † sono stati aggiunti durante il restauro del 2013.

L'organo si trova qui.

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